Cha mẹ của Lincoln là tín hữu Baptist, họ gia nhập Nhà thờ Baptist Little Pigeon gần Lincoln City, Indiana năm 1823.[4] Năm 1831, Lincoln di chuyển đến New Salem, ở đó không có nhà thờ.[5] Sử gia Mark Noll viết rằng, "Lincoln chưa bao giờ gia nhập nhà thờ nào, cũng chưa hề xưng nhận rõ ràng về niềm tin Cơ Đốc."[6]

Tuy nhiên, trong những năm ở Tòa Bạch Ốc, Lincoln đi lễ tại Nhà thờ Trưởng Lão New York Avenue, ở đó có một hàng ghế gắn biển dành riêng cho gia đình ông.[7] Mark A. Noll dẫn lời Jesse Fell, bạn và là người viết tiểu sử Lincoln, rằng Lincoln "hiếm khi tỏ cho người khác biết quan điểm của ông" về tôn giáo, Fell tiến xa đến mức nghĩ rằng Lincoln không đồng ý với các quan điểm chính thống như các giáo lý về thần tính của Chúa Giê-xu, sự đền tội thay, sự vô ngộ của Kinh Thánh, phép lạ, hoặc thiên đàng và địa ngục. Theo diễn giải của Noll, cảm giác tiêu cực của Lincoln đối với các giáo hội có tổ chức có thể đã bắt nguồn từ những trải nghiệm lúc còn trẻ, khi ông chứng kiến tình trạng kích động cảm xúc thái quá, và những tranh cãi đầy cay đắng giữa các giáo hội, thường xuyên xảy ra khi họ tổ chức các cuộc truyền giảng hằng năm, cùng ảnh hưởng tiêu cực từ cách hành xử của những nhà truyền đạo lưu hành.

Dù không chịu gia nhập một giáo hội nào, Lincoln vẫn thường suy tư về ý nghĩa vĩnh hằng của đời người, mà cuộc đời ông thì ghi dấu nhiều thảm kịch, từ cái chết trẻ của hai con trai, tình trạng tinh thần bất ổn của người vợ, cho đến những hình ảnh đẫm máu của cuộc chiến đã khắc sâu vào lòng ông.[8]

Một trong những đặc điểm tôn giáo theo Thần học Calvin của cha mẹ mà ông hết lòng tin tưởng là giáo lý tiền định.[9] Hầu như chỉ luôn giới hạn trong góc nhìn này mà Lincoln thẩm định ý nghĩa của cuộc Nội chiến.

Người ta nói rằng Lincoln ngưỡng mộ Thomas Paine, tác gia và là tín đồ Thần giáo (Deism), và rằng năm 1834 ông đã viết một tiểu luận, theo mẫu quyển The Age of Reason của Paine, thách thức Cơ Đốc giáo truyền thống; một người bạn đã đốt bản thảo này hầu giúp ông khỏi bị chế giễu.[10] James Adams gọi Lincoln là "tín đồ thần giáo".[11]